Heptabase 不仅仅是一个笔记软件或者白板工具而已，它最主要的功能是帮助使用者学习、思考、研究和规划，对摄取的信息建立深度理解。
首先，我们需要将复杂的知识打碎成许多原子化的概念。原子化的概念是指将一个复杂的主题或概念分解成更小、更易理解的部分。这是建立深度理解的重要条件。这个过程可能需要花费一些时间和努力，但最后的回报是对知识有更深的理解和记忆。
一旦我们将知识分解成原子化的概念，下一步就是将这些概念转化成卡片。这些卡片并不代表只能有「短短的內容」，而是整张卡片的各项论点都只用来支撑这个概念。每张卡片都是一个完整的想法或概念，将这些概念的卡片放在一起（组成群组），就能形成一个完整的知识结构。这不仅使我们能够更有效地理解和记忆知识，而且也使我们能够更容易地找到和回顾这些知识。
在创建卡片的过程中，我们需要认真地为每张卡片和每个群组命名。目标是用一句话讲出这张卡片（群组）的核心概念，让未来的自己一看到，就能理解这张卡片或这个群组在讲什么。这个命名的过程是提高理解和记忆的关键。当我们给一个概念或一个群组命名时，我们实际上是在思考和理解这个概念的意义。通过这个过程，我们可以更深入地理解这个概念，并将其牢记在心。