在进行个人知识管理时，做笔记不是目的，目的是行为的过程——思考。
Thinking is all about the ability to look at complex situations and strip away things that don’t count—the ability to filter out situations and find what’s at their core.
by Paraphrasing Douglas Hofstadter
笔记只是一种反映思考的形式而已。在思考的时候，随手记下所思所想，我们就有了一个进一步探究的抓手。这就很像是在做策划的时候，第一版策划案往往就是个靶子，是抛砖引玉的那块砖。老板和甲方往往并不知道自己要的究竟是什么，当他们看到一份方案之后才能够进一步具体明晰自己想要的。（参见：有效笔记的三要素）
如果说元认知是一个人的指南针，那么笔记就是地图。把想法写出来，就能更轻松地驾驭它们。因此，尤其是在我们这个信息过载的时代，做笔记不仅仅是一种表达方式，它也是一种清晰、理解和联系的方式。
笔记是一种认知过滤。写下我所读、所看或所听的内容，会迫使我做一些初步研究，选择高质量的信息来源，并更有意识地控制我的信息消费，而不是消费大量的随机内容。这样，所做的笔记就成了一个过滤器，过滤进入我头脑的信息。
笔记是一个解释器。法国作家布瓦洛曾说过：「Ce qui se conçoit bien, s’énonce clairement」（思路清晰的东西就能清晰地表达出来）。这也是费曼技巧背后的原理。
Without using the new word which you have just learned, try to rephrase what you have just learned in your own language. — Richard Feynman
做笔记能增强记忆。代入效应是一种现象，即如果信息是自己主动创造出来的，而不是被动阅读的，那么记忆效果会更好。与被动记笔记不同，做笔记能确保我处于主动学习的状态，并在新知识和已有知识之间形成联系，这将使我以后更容易检索信息。而且，当我的记忆力不可避免地出现问题时，可以随时翻阅笔记，温故而知新。
笔记也可以激发创造力。创造力依赖于我将现有想法连接在一起的能力。要形成这种联系，我需要一种方法来检索和探索遇到的或突然出现在脑海中的想法。做笔记就是创建这样一个可搜索的想法数据库的好方法，通过 Heptabase 的卡片库和白板，我可以将笔记连接起来，产生自己的渐进式想法。此外，虽然很多人对一个问题都有类似的想法，但每个人的想法往往不尽相同。把我自己的想法写下来，可以帮助我追踪想法的发展轨迹，并为制作创意内容提供独特的素材。